Além de dados, os códigos binários são usados para armazenar instruções de programas.Estas dizem o que o computador tem que fazer. Um conjunto de instruções com um propósito determinado é o que se chama de “programa” ou “software”. As vezes, a finalidade, é tão complicada que exige milhões de instruçõess para que o computador alcance o objectivo. Cada instrução tem um código. Por exemplo, o código 31  pode significar “leve o dado da memória X  para memória Y”, o código 89 pode significar “compare o valor de X com Y e me diga qual é o maior”. O interessante é que as instruções binárias dos computadores são  simples.

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